19 апреля 1943 года постановлением СНК СССР органы военной контррразведки выведены из подчинения НКВД СССР и переданы в состав наркоматов обороны и военно-морского флота. Управление особых отделов НКВД ликвидировалось, а в составе НКО СССР создавалось Главное управление контрразведки «Смерш», в НК ВМФ СССР – Управление контрразведки «Смерш».

В мае постановлениями ГКО СССР утвердили соответствующие положения об органах «Смерш», которые должны были подчиняться только своим вышестоящим органам и информировать военные советы фронтов (флотов), армий, командиров соединений, частей и учреждений армии и флота по вопросам своей работы. Эти меры позволили органам «Смерш» своевременно принимать необходимые агентурно-оперативные и иные (через командование) меры по созданию на фронтах (флотах) условий, исключающих возможность ведения спецслужбами фашистской Германии разведывательно-подрывной деятельности.

В мае 1946 года ГУКР «Смерш» вошло в состав Министерства госбезопасности СССР в качестве самостоятельного Главного управления (военная контрразведка).